På 46 år, fra 1870 til 1916, udviklede Frederikshavn sig til en stor industriby. Befolkningstilvæksten var på 400 procent, og der blev færdiggjort en beboelsesejendom hver måned. Der blev bygget en storhavn til Danmarks største fiskerflåde og byen fik færgeruter til store dele af verden. Byens værfter og motorfabrikker forsynede såvel det lokale, som det nationale og internationale marked med skibe og motorer, gear og skruer.

Da kanonbådskrigen sluttede i 1813, gik Danmark fallit. Wienerkongressen forærede Norge til Sverige uden at spørge nordmændene, og alle de oversøiske forbindelser var tabt og skulle samles op igen. Den store vinder af Napoleonskrigen var England. Sejren var dog en pyrrhussejr, økonomisk hang England på randen af afgrunden, og al import til landet blev enten forbudt eller pålagt store toldafgifter. Dermed var det store marked som Danmark havde satset på inden krigen på det nærmeste forsvundet.

Alligevel formåede Fladstrand, eller som den kom til at hedder Frederikshavn efter Frederik den VI, at holde fast i det der var vundet. Havnen turde man dog ikke at lade sig forære, og en Kongelig Havnekommission blev nedsat i 1822. Dermed var Frederikshavn statshavn, lige frem til år 2000, hvor kommunen satsede og overtog den gamle havn.

Havnen blev et aktiv for østerseksporten. Det kongeligt privilegerede østersfiskeri nord for Holmene helt til Aalbæk var en lukrativ forretning. Desuden gik handelen med Norge ikke helt i stå, og der passerede stadig mange skibe på deres vej mellem Østersøen og Nordsøen, som lagde turen forbi havnen.

Havnen var dog alt for lille, og købmændene klagede deres nød. Det hjalp hen omkring 1834, hvor der var begyndt at komme gang i eksporten til England, efter at toldsatserne var blevet fjernet.

De Frederikshavnske købmandsvirksomheder blev stadigt større med import af jern og træ og eksport af landbrugsprodukter. Havnen udvidedes flere gange og fik bolværker til de nye dampskibe af jern. Fra 1850 oprettedes den første egentlige rute mellem Frederikshavn og Kristiansand i Norge. Senere blev den udvidet med endnu en rute til Oslo, en rute til Göteborg, Kiel, og den vigtige rute til København. Desuden var der fast forbindelse til England og USA.

Købmændene Kall og Cloos var to af de største. Kall havde ud over forretning også sin egen bjergningsdamper. Den anden købmand var Cloos, der ud over købmandsvirksomheden også var skibsreder. Han blev en af de største importører af foderstoffer og kunstgødning til Danmark.

Siden middelalderen har der været en voldsom trafik rundt om Skagens Gren. Vrag fra strandinger fundet langs kysten taler sit tydelige spor. Retssager om strandet gods, og behandling af skibsbrudne taler også om, at problemet har været så omfattende, at det har sat sig spor i love og forordninger.

Efterhånden som skibstrafikken øgedes med flere skibe og større tonnage voksede kravet om at der skulle bygges en nødhavn i Kattegat. Selv i dag frygter skibsførerne for deres skibe, og i de værste storme ligger der mange skibe og rider stormen af i Aalbæk bugt, selvom skibene har moderne navigationsudstyr og rigelig med maskinkraft. I 1848 forsøgte skibsforsikringsselskabet Lloyds of London, at få lov til at bygge en nødhavn ved Græsholmene. Planerne blev dog skrinlagt indtil slutningen af 1870érne, hvor de lokale, nationale og internationale krav var blevet så store, at Folketinget besluttede sig for at undersøge muligheden for en Nød? & Handelshavn i det nordlige Kattegat.

Anlægsloven blev vedtaget i 1881, hvorefter arbejdet påbegyndtes året efter. Det enorme anlægsarbejde varede frem til 1895, hvor den nye storhavn stod færdig. Kort fra Havnevæsenet viser med al tydelighed, at der var trængsel i både yder og inderhavn når vinteren stundede til, og det blev umuligt for både jern og træskibe at sejle.